Povestea incepe in Egiptul anului 1928 unde, in timpul unei expeditii arheologice este descoperita o poarta de piatra datand din timpuri stravechi. Pentru a elucida misterul straniei descoperiri, armata apeleaza la ajutorul unui egiptolog....
În anul 2029 întreaga lume este conectată la o retea globală. Tokyo este orașul care detine un departament special pentru securitatea acestei rețele, numit Secțiunea 9. Acest departament s-a angajat în vânarea unui hacker numit Maestrul Păpușar....